PKBM Bhinneka Bangsa menyediakan fasilitas toilet siswa yang dirancang dengan mengutamakan aspek kebersihan, kesehatan, dan kenyamanan pengguna. Area sanitasi ini terletak di lokasi yang strategis namun tetap menjaga privasi peserta didik, dengan sirkulasi udara yang baik untuk memastikan ruangan tetap kering dan tidak lembap. Lantai toilet menggunakan material keramik antislip guna menjamin keamanan siswa, serta dilengkapi dengan sistem pengairan yang lancar dan pembuangan limbah yang memenuhi standar kesehatan lingkungan. Pemeliharaan dilakukan secara rutin oleh petugas kebersihan untuk menjaga standar higienitas, sehingga menciptakan lingkungan belajar yang sehat dan mendukung kesejahteraan warga belajar selama berada di lingkungan sekolah. Keberadaan fasilitas sanitasi yang layak ini merupakan wujud komitmen lembaga dalam memenuhi standar sarana prasarana pendidikan kesetaraan yang berkualitas.
